Autor(es):
Robalo, João R. 
; Canto, António M. T. Martins do ; Carvalho, A. J. Palace ; Ramalho, J. P. Prates ; Loura, Luís M. S.
Data: 2011
Identificador Persistente: http://hdl.handle.net/10174/4708
Origem: Repositório Científico da Universidade de Évora
Assunto(s): lipid bilayers; molecular dynamics; molecular simulation; POPC; Cholesterol
Descrição
A espectroscopia e a microscopia de fluorescência têm sido usadas em biofísica de membranas há décadas. Como a unidade estrutural
básica das membranas biológicas é a bicamada de lípidos e estes não fluorescem, o uso de sondas extrínsecas de membrana é uma
necessidade. Contudo, duas questões preocupantes se levantam quanto ao uso de sondas extrínsecas de fluorescência em estudos de
membranas. Em primeiro lugar, o comportamento das moléculas de sonda na bicamada (que região da bicamada elas reportam, as suas
dinâmicas translacional e rotacional) é frequentemente mal conhecido. Em segundo lugar, na interpretação de resultados de experiências
de fluorescência, pode ser difícil distinguir entre propriedades legítimas da membrana e efeitos de perturbação resultantes da
incorporação da sonda. Para este efeito, as simulações por dinâmica molecular (MD), ao providenciarem informação detalhada à escala
atómica, representam um meio valioso para caracterizar a localização e dinâmica de sondas na bicamada, assim como a magnitude de
perturbação que elas induzem na estrutura lipídica [1]. Neste contexto, optimizaram-se, com recurso ao programa Firefly, as estruturas do
colesterol e de dois análogos fluorescentes (desidroergoesterol e colestatrienol) ao nível de teoria DFT/R-B3LYP/6-31G(d) e
submeteram-se em seguida ao servidor de topologias ATB, inscrevendo simultaneamente as cargas parciais calculadas na topologia
molecular. Estas topologias foram utilizadas na construção de modelos de membranas lipídicas constituídas por POPC, colesterol e uma
das sondas fluorescentes acima identificadas. Os modelos assim obtidos foram hidratados e sujeitos a simulações de MD, donde se
calculou a área por lípido, a espessura e densidade da bicamada, os coeficientes de difusão lateral para as espécies presentes e os
parâmetros de ordem das cadeias acilo. As simulações foram efectuadas em ensemble NPT através do pacote de software GROMACS.
Análises preliminares permitiram a comparação dos comportamentos na bicamada dos esteróis fluorescentes com o do colesterol,
informação vital para validar o uso dos primeiros como análogos fluorescentes do segundo.
REFERÊNCIAS
[1] Loura, L.M.S.; Prates Ramalho, J.P. Biophys. Rev. 1 (2009), 141.
