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Genetic diversity in the SIR model of pathogen evolution

Gordo, I.; Gomes, M.G.M.; Reis, D.G.; Campos, P.R.A.

We introduce a model for assessing the levels and patterns of genetic diversity in pathogen populations, whose epidemiology follows a susceptible-infected-recovered model (SIR). We model the population of pathogens as a metapopulation composed of subpopulations (infected hosts), where pathogens replicate and mutate. Hosts transmit pathogens to uninfected hosts. We show that the level of pathogen variation is we...


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