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Crawling PubMed with web agents for literature search and alerting services
Carvalhal, Carlos; Deusdado, Sérgio; Deusdado, LeonelIn this paper we present ASAP - Automated Search with Agents in PubMed, a web-based service aiming to manage and automate scientific literature search in the PubMed database. The system allows the creation and management of web agents, parameterized thematically and functionally, that crawl the PubMed database autonomously and periodically, aiming to search and retrieve relevant results according the requiremen...
Bioinformática e Biomedicina
Deusdado, SérgioA sequenciação do genoma humano, anunciada ao mundo com os primeiros resultados em 2001 e terminada em 2003 é um marco na história da humanidade. Inicialmente, o foco da investigação genómica centrava-se nas espécies, e a comparação de genomas e de genes ocorria sobretudo entre diferentes organismos. Esse trabalho segue o seu curso, contando-se atualmente, apenas alguns milhares de espécies sequenciadas e os se...
Análise e alinhamento de sequências biológicas
Choupina, Altino; Deusdado, SérgioO conhecimento derivado das tecnologias genómicas e computacionais aumenta em progressão geométrica. A compreensão dessa avalanche de dados está intimamente vinculada ao formidável desenvolvimento na área da bioinformática. Ao possibilitar a avaliação global dessa extraordinária quantidade de dados, a bioinformática tem acelerado consideravelmente as descobertas científicas. No software de análise do genoma pod...
ASAP: an automated system for scientific literature search in pubmed using web ...
Carvalhal, Carlos; Deusdado, Sérgio; Deusdado, LeonelIn this paper we present ASAP - Automated Search with Agents in PubMed, a web-based service aiming to manage and automate scientific literature search in the PubMed database. The system allows the creation and management of web agents, specifically parameterized thematically and functionally, that automatically and periodically crawl the PubMed database, oriented to search and retrieve relevant results accordin...
Experiments on computer assisted optimization of the escherichia coli fermentat...
Teixeira, Tânia; Deusdado, SérgioWe used the software Optferm to model and optimize the bioprocess of escherichia coli fermentation, simulating the conditions of a fed-batch bioreactor. The results, obtained by employing different AI approaches, provided useful orientation for nutrient feed strategies for increased productivity. In conclusion, we believe in silico tools can perform a rapid and valid optimization of bioprocesses avoiding expens...
BBMS + + – basic bioinformatics meta-searcher
Carocho, Márcio; Deusdado, SérgioIn this paper we present a Basic Bioinformatics Meta-searcher (BBMS), a web-based service aiming to simplify and integrate biological data searching through selected biological databases. BBMS facilitates biological data searching enabling multiple sources transparently, increasing research productivity as it avoids time consuming learning and parameterization of different search engines. As a complementary ser...
Passado, Presente e Futuro da Bioinformática
Deusdado, SérgioNas últimas décadas do século XX os avanços científicos nos métodos experimentais em biologia molecular, e mais concretamente na sequenciação genómica , possibilitaram a acumulação de grandes volumes de dados biológicos primários. Da expansão da informação genómica resultou, por inerência, um expansão na informação proteómica e metabolómica. Toda esta informação despertou uma quantidade de investigadores e de e...
BBMS++ – metapesquisador bioinformático
Carocho, Márcio; Deusdado, SérgioNeste artigo descreve-se a criação implementação de um meta-pesquisador [1-7] na área da bioinformática (BBMS – Basic Bioinformatics Meta-searcher), desenvolvido de raiz na língua portuguesa. O BBMS permite um acesso centralizado aos motores de busca online das principais bases de dados biológicos primárias, bastante fácil de entender e que permite aceder a informação biológica contida nas mais importantes base...
Experiências computacionais na optimização do processo de fermentação da E. Col...
Teixeira, Tânia; Deusdado, SérgioNas últimas duas décadas, fruto do desenvolvimento acelerado da investigação em biologia molecular, a quantidade de dados genómicos, proteómicos, metabolómicos e filogenéticos cresceu exponencialmente, obrigando os investigadores ao recurso a ferramentas computacionais para armazenar, comunicar e tratar os dados biológicos descobertos. Em consequência, a bioinformática tem emergido desta necessidade para dar re...
Employing compact intra-genomic language models to predict genomic sequences an...
Deusdado, Sérgio; Carvalho, Paulohttp://iwpacbb2010.di.uminho.pt/ ; Probabilistic models of languages are fundamental to understand and learn the profile of the subjacent code in order to estimate its entropy, enabling the verification and prediction of “natural” emanations of the language. Language models are devoted to capture salient statistical characteristics of the distribution of sequences of words, which transposed to the genomic lang...
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