Author(s):
Gonzaga, Ricardo Mateus 
Date: 2012
Persistent ID: http://hdl.handle.net/10773/10211
Origin: RIA - Repositório Institucional da Universidade de Aveiro
Subject(s): Engenharia de computadores; Bioinformática; Proteínas; Análise sequencial
Description
Com a redução dos custos de sequenciação, muitos grupos de investigação
têm efetuado sequenciações maciças dos organismos com que trabalham. Estas
sequenciações revelam a combinação de nucleótidos (A,C,T,G) que compõe
os genomas, desvendando o código para a construção das proteínas, que
por sua vez, são usadas nos mais diversos processos como regulação, crescimento,
manutenção, entre outros mecanismos.
As sequências proteicas poderão ter um elevado potencial biotecnológico. Por
exemplo, quando se sequenciam organismos que vivem em ambientes extremos,
tais como, com elevadas concentrações de produtos tóxicos, grandes
profundidades ou elevados níveis de radiação, as proteínas que os protegem
contra esses agentes poderão ser importantes em diversas áreas da biotecnologia.
Atualmente existem vários métodos que permitem reconhecer as propriedades
específicas de cada proteína, desde a análise da sequência, passando
pela análise estrutural ou até mesmo funcional. Ferramentas como o Inter-
ProScan permitem conhecer de uma forma rápida e simples as mais valias
funcionais de uma sequência e perceber se uma dada proteína pode ter ou
não potencial para que seja produzida num ambiente laboratorial.
O objetivo deste trabalho é desenvolver um sistema que permita organizar e
catalogar todas as proteínas pertencentes a um determinado grupo de investigação
sendo capaz de publicar características funcionais sem desvendar as
suas sequências genéticas. A publicação e pesquisa destas proteínas será
baseada nos seus grupos funcionais, revelados recorrendo à ferramenta InterProScan.
Este sistema é constituído por dois componentes, uma aplicação
local e um site web, e destina-se a grupos de investigação que pretendam
divulgar as proteínas sequenciadas nos seus laboratórios e a entidades que
necessitem de proteínas com propriedades específicas. With the decrese in the cost of genome sequencing, many research groups
have made massive sequencing of organisms with which they work. These
sequencing reveals the combination of nucleotides (A, C, T, G) that makes up
the genome, revealing the code for constructing the proteins which are used in
several processes such as regulation of growth, maintenance, and other mechanisms.
Proteins may have a high biotechnological potential. For example when sequencing
organisms that live in extreme environments such as high concentrations
of toxic products, high deep or high levels of radiation, the proteins that
protect against these agents may be important in areas of biotechnology.
Currently there are several methods for recognizing the specific properties of
each protein since the sequence, structural or even functional analysis. Tools,
such as InterProScan, allows us to quickly know the protein function and to
know if a sequence of a given protein may or may not have the potential to be
produced in a laboratory environment for commercial use.
The objective of this work was to develop a system that organizes and catalogs
all the proteins belonging to a particular research group, and to develop a database
and a web site that allows the storage and search of proteins in several
areas of interest. The publication and research of these proteins will be based
on their functional groups using the InterProScan tool. This system consists in
two components, a local application and a web site and was designed for research
groups that wish to publish the proteins in their laboratories and to entities
that require proteins with specific properties that were sequenced. Mestrado em Engenharia de Computadores e Telemática
