Author(s):
Costa, Maria José Roque da 
Date: 2011
Persistent ID: http://hdl.handle.net/1822/20259
Origin: RepositóriUM - Universidade do Minho
Document details
Continued high prevalence of G2P[4] rotavirus strains in Belgium : vaccine indu...
Description
Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Biomédica (área de especialização em Engenharia Clínica) Group A rotaviruses are the leading cause of severe diarrhoea in children under 5 years of age worldwide, accounting for approximately 600,000 child deaths each year. Two rotavirus vaccines, Rotarix® and RotaTeq®, have been licensed in Belgium, and they have strongly reduced the disease caused by rotavirus infections. However, the rotavirus seasons following Rotarix® introduction in 2006 were marked by a relative increase of G2P[4] rotavirus strain prevalence, when compared with seasons before vaccine introduction. The goal of the work described in this thesis was to perform an epidemiological study on rotavirus prevalence and genotype distribution in Belgium in the 2009-2010 season, as well as to determine if this relative increase in G2P[4] strains is a vaccinerelated event or the result of usual genotype fluctuations. A total of 577 stool samples collected from Belgian paediatric patients between August 2009 and July 2010 were analysed, from which 491 samples were positive for rotavirus and further characterised. The most prevalent rotavirus genotype was G2 (61.9%), followed by G1 (25.3%), G4 (3.7%), G9 (3.3%), G12 (2.9%), G3 (1.8%), and G6 (0.4%). Overall, G1, G3, G4, G9 and G12 were mainly associated with the P[8] genotype, whereas all G2 were exclusively associated with P[4]. The majority of the positive samples came from the north of Belgium, especially from the provinces of Antwerp (43.3%), Flemish Brabant (18.2%) and East-Flanders (17.9%). The 2009-2010 season is now the fourth season after Rotarix® introduction in which we observe a further increase on the relative prevalence of G2P[4] strains, suggesting that vaccination might be one of the factors influencing rotavirus genotype distribution, thereby allowing the emergence of G2P[4] strains. The phylogenetic analysis showed that several lineages of G2P[4] were co-circulating in 2009-2010. Geographic distribution of these lineages revealed no differences in the distribution pattern of the larger clusters; small clusters, however, could only be found in specific locations of Belgium. The results obtained showed that is necessary to monitor the effect of vaccination on predominant genotypes, as well as the influence of different lineages in the efficacy of the vaccines. Os rotavírus do grupo A são a principal causa de diarreia grave em crianças menores de cinco anos de idade, sendo responsáveis por cerca de 600,000 mortes infantis anuais. Na Bélgica, duas vacinas foram licenciadas, Rotarix® e RotaTeq®, as quais diminuíram drasticamente a doença causada pela infecção por rotavírus. No entanto, as épocas de rotavírus após a introdução da Rotarix® em 2006 foram marcadas por um aumento relativo da prevalência de rotavírus da estirpe G2P[4], quando comparado com épocas anteriores ao licenciamento da vacina. O objectivo do trabalho apresentado nesta dissertação consistiu na realização de um estudo epidemiológico sobre a prevalência e distribuição de genótipos de rotavírus na Bélgica durante a época de 2009-2010, bem como determinar se este aumento de estirpes G2P[4] se encontrava relacionado com a vacina ou se era apenas o resultado de flutuações normais de genótipos. Um total de 577 amostras recolhidas de pacientes pediátricos belgas entre Agosto de 2009 e Julho de 2010 foram analisadas, 491 amostras das quais eram positivas para rotavírus. O genótipo mais prevalente foi o G2 (61.9%), seguido do G1 (25.3%), G4 (3.7%), G9 (3.3%), G12 (2.9%), G3 (1.8%), e G6 (0.4%). Em geral, G1, G3, G4, G9 e G12 encontravam-se associados com o genótipo P[8], enquanto que todos os G2 estavam associados ao P[4]. A maioria das amostras positivas teve origem no norte da Bélgica, especialmente nas províncias de Antwerp (43.3%), Flemish Brabant (18.2%) e East- Flanders (17.9%). Após o licenciamento da Rotarix®, 2009-2010 é agora a quarta época em que se observa um aumento da prevalência relativa de estirpes de G2P[4], o que sugere que a vacinação pode ser um dos factores que influenciam a distribuição dos genótipos de rotavírus, permitindo assim o surgimento de estirpes G2P[4]. A análise filogenética demonstrou que várias linhagens de G2P[4] co-circulavam na época de 2009-2010. A distribuição geográfica destas linhagens não revelou grandes diferenças no padrão de distribuição dos grandes clusters; contudo, pequenos clusters apenas foram encontrados em localizações específicas da Bélgica. Os resultados obtidos mostram que é necessário monitorizar o efeito da vacinação nos genótipos predominantes, assim como a influência de diferentes linhagens na eficácia das vacinas.
Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Biomédica (área de especialização em Engenharia Clínica) Group A rotaviruses are the leading cause of severe diarrhoea in children under 5 years of age worldwide, accounting for approximately 600,000 child deaths each year. Two rotavirus vaccines, Rotarix® and RotaTeq®, have been licensed in Belgium, and they have strongly reduced the disease caused by rotavirus infections. However, the rotavirus seasons following Rotarix® introduction in 2006 were marked by a relative increase of G2P[4] rotavirus strain prevalence, when compared with seasons before vaccine introduction. The goal of the work described in this thesis was to perform an epidemiological study on rotavirus prevalence and genotype distribution in Belgium in the 2009-2010 season, as well as to determine if this relative increase in G2P[4] strains is a vaccinerelated event or the result of usual genotype fluctuations. A total of 577 stool samples collected from Belgian paediatric patients between August 2009 and July 2010 were analysed, from which 491 samples were positive for rotavirus and further characterised. The most prevalent rotavirus genotype was G2 (61.9%), followed by G1 (25.3%), G4 (3.7%), G9 (3.3%), G12 (2.9%), G3 (1.8%), and G6 (0.4%). Overall, G1, G3, G4, G9 and G12 were mainly associated with the P[8] genotype, whereas all G2 were exclusively associated with P[4]. The majority of the positive samples came from the north of Belgium, especially from the provinces of Antwerp (43.3%), Flemish Brabant (18.2%) and East-Flanders (17.9%). The 2009-2010 season is now the fourth season after Rotarix® introduction in which we observe a further increase on the relative prevalence of G2P[4] strains, suggesting that vaccination might be one of the factors influencing rotavirus genotype distribution, thereby allowing the emergence of G2P[4] strains. The phylogenetic analysis showed that several lineages of G2P[4] were co-circulating in 2009-2010. Geographic distribution of these lineages revealed no differences in the distribution pattern of the larger clusters; small clusters, however, could only be found in specific locations of Belgium. The results obtained showed that is necessary to monitor the effect of vaccination on predominant genotypes, as well as the influence of different lineages in the efficacy of the vaccines. Os rotavírus do grupo A são a principal causa de diarreia grave em crianças menores de cinco anos de idade, sendo responsáveis por cerca de 600,000 mortes infantis anuais. Na Bélgica, duas vacinas foram licenciadas, Rotarix® e RotaTeq®, as quais diminuíram drasticamente a doença causada pela infecção por rotavírus. No entanto, as épocas de rotavírus após a introdução da Rotarix® em 2006 foram marcadas por um aumento relativo da prevalência de rotavírus da estirpe G2P[4], quando comparado com épocas anteriores ao licenciamento da vacina. O objectivo do trabalho apresentado nesta dissertação consistiu na realização de um estudo epidemiológico sobre a prevalência e distribuição de genótipos de rotavírus na Bélgica durante a época de 2009-2010, bem como determinar se este aumento de estirpes G2P[4] se encontrava relacionado com a vacina ou se era apenas o resultado de flutuações normais de genótipos. Um total de 577 amostras recolhidas de pacientes pediátricos belgas entre Agosto de 2009 e Julho de 2010 foram analisadas, 491 amostras das quais eram positivas para rotavírus. O genótipo mais prevalente foi o G2 (61.9%), seguido do G1 (25.3%), G4 (3.7%), G9 (3.3%), G12 (2.9%), G3 (1.8%), e G6 (0.4%). Em geral, G1, G3, G4, G9 e G12 encontravam-se associados com o genótipo P[8], enquanto que todos os G2 estavam associados ao P[4]. A maioria das amostras positivas teve origem no norte da Bélgica, especialmente nas províncias de Antwerp (43.3%), Flemish Brabant (18.2%) e East- Flanders (17.9%). Após o licenciamento da Rotarix®, 2009-2010 é agora a quarta época em que se observa um aumento da prevalência relativa de estirpes de G2P[4], o que sugere que a vacinação pode ser um dos factores que influenciam a distribuição dos genótipos de rotavírus, permitindo assim o surgimento de estirpes G2P[4]. A análise filogenética demonstrou que várias linhagens de G2P[4] co-circulavam na época de 2009-2010. A distribuição geográfica destas linhagens não revelou grandes diferenças no padrão de distribuição dos grandes clusters; contudo, pequenos clusters apenas foram encontrados em localizações específicas da Bélgica. Os resultados obtidos mostram que é necessário monitorizar o efeito da vacinação nos genótipos predominantes, assim como a influência de diferentes linhagens na eficácia das vacinas.
Document Type
Bachelor Thesis
Language English
Advisor(s) Mathijnssens, Jelle; Azeredo, Joana
Language English
Advisor(s) Mathijnssens, Jelle; Azeredo, Joana
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